Название города относится к женскому роду. Лишь на рубеже XVIII—XIX веков иногда слово «Пермь» в официальных документах ставили в мужской род — «Перм», «План губернского города Перма»^[13]. Слово «Пермь» впервые упоминается в Повести временных лет, в недатированной части, созданной в 1113 году, и его происхождение является предметом научных дискуссий. Основные версии происхождения топонима следующие^[14][15]:

• от упоминавшейся в скандинавских сагах страны Биармии — эту версию предложил в 1730 году Ф. И. фон Страленберг, она преобладала в исторических исследованиях вплоть до начала XIX века и была принята, в частности В. Н. Татищевым, М. В. Ломоносовым и Н. М. Карамзиным;
• от фин. perämаа, вепс. perämaa «задняя земля». По мнению современных финно-угроведов, к этому слову восходят и др.-рус. Перемь, Перьмь, и др.-сканд. Bjarmaland, которые изначально обозначали некую прибалтийско-финскую территорию на побережье Белого моря. По мере древнерусской колонизации топоним Пермь сдвигался на восток и был перенесён на предков коми-зырян (Пермь Вычегодская), а затем и коми-пермяков (Пермь Великая)^[16].
• от коми парма «лес». Макс Фасмер отмечает фонетические трудности этой версии.

До XVIII века топоним «Пермь» использовался для обозначения определённых территорий (Пермь Великая, Пермь Вычегодская), а также некоторых населённых пунктов (например, у С. Герберштейна сказано, что существует «Великая и обширная область Пермия» и «в ней есть город того же имени»)^[13].

От топонима «Пермь» произошёл геологический термин «пермь» (пермская система), введённый Родериком Мурчисоном в 1841 году по результатам его экспедиции по России, в частности по Пермской губернии^[17][18].